Писатель, философ. Родился 19 сентября 1936 года в Якутии (п. Незаметный, ныне г. Алдан республики Соха). Окончил среднюю школу в Красноярске. С 1954 жил в Томске. Учился по специальности «Радиотехника» в Томском политехническом институте. Выпускник ТПИ 1961 года. Работал в специальном конструкторском бюро на заводе «Контур», где производились математические машины, в лаборатории бионики СФТИ. Занимался военным применением дельфинов. В начале перестройки принимал участие в движении «зелёных».

          Первая публикация – фантастический рассказ «Неудачная экспедиция» – состоялась на страницах томской газеты "Молодой ленинец" (1966). В 1969 в журнале «Вокруг света» был напечатан рассказ «Билет в детство». Первая книга – «Случится же с человеком такое!..» - издана в 1972. Член Союза писателей СССР (1976). Лауреат премии «Аэлита» (1988) за сборник «Весна света». Автор 15 книг, изданных в Москве, Новосибирске, Томске и за рубежом – в Германии, Чехии, США. Рассказы и повести печатались в журналах "Аврора", "Сибирские огни", "Уральский следопыт". Его проза переведена на английский, болгарский, венгерский, грузинский, китайский, корейский, монгольский, немецкий, польский, сербско-хорватский, словацкий, французский, чешский, шведский, японский языки.

            Один из ведущих авторов отечественной фантастики 1960-1970-х годов.

В последние годы жизни работал над трилогией «Безвременье. Времена. Вечность». В 2001 отдельным изданием вышел первый роман трилогии — «Безвременье», написанный в соавторстве с Ю.И. Марушкиным. Вторая книга трилогии — роман-пародия «Сократ Сибирских Афин» — опубликована в красноярском журнале «День и ночь» (2001), издана в Томске (2007).

       С 1970-х годов работал над трудом «Пространство и Время. (Физический аспект)», краткое его изложение было издано малым тиражом в 1994 в Томске под названием «Пространство и время для фантаста».

      4 июня 2001 скончался от острой сердечной недостаточности в Томске. Похоронен на Бактине. Имя В.Д. Колупаева было присвоено премии «Малая Урания» (2001). Премия присуждается за лучшее произведение в гуманистических традициях русской фантастики, впервые опубликованное в предыдущем году. Именем В.Д. Колупаева названа улица в пос. Апрель Томского района Томской области.