Писатель. Родился 3 февраля 1873 в городе Бежецке Тверской губернии в купеческой семье. Учился в частном пансионе, потом в Бежецком городском 6-классном училище (1882-1888), в 1891 окончил Вышневолоцкое училище кондукторов путей сообщения. Проходил практику в Новгородской и Вологодской губерниях, совершил 2-недельное путешествие по Пинеге с Иоанном Кронштадтским, оставившее яркий след в его душе.

      В 1894 прибыл в Томск на службу по округу водных путей сообщения. Через два года службы был утвержден техником управления округа с годовым окладом в 1200 рублей. В конце 1900 получил право руководить экспедиционными партиями. С ранней весны и до поздней осени в течение почти полутора десятков лет совершал ежегодные экспедиции по рекам Иртышу, Оби, Бии, Катуни, Енисею, Чулыму, Лене, Нижней Тунгуске и Ангаре, исколесил почти все необъятные просторы, раскинутые у Полярного круга. Особое значение, как в инженерном, так и творческом плане, имели работы по исследованию Бии и трассы будущего Чуйского тракта. Им было собрано много песен, сказок и коллекций по этнографии. В 1915 переехал из Томска в Петербург.

  После Октябрьской революции, которую Шишков встретил с настороженностью, отправился в «скитания» по России (Лужский уезд, Смоленск, Кострома, Крым и др.). С 1927 жил в Детском (Царском Селе). В 1941 находился в блокадном Ленинграде (до 1 апреля 1942).

Первая его публикация – маленький рассказ "Кедр" – состоялась в томской газете "Сибирская жизнь" (1908). В 1909 принял активное участие в издании томского литературно-художественного журнала "Молодая Сибирь". С 1911 стал регулярным посетителем потанинских «четвергов», где бывала творческая и научная интеллигенция Томска, читались рефераты на литературные, философские и иные темы. 30 декабря 1911 послал свои рассказы М. Горькому. Несколько из них были опубликованы в столичных журналах («Заветы», «Ежемесячный журнал»). В Томске были написаны "Краля" (1913), "Ванька Хлюст" (1914), "Та сторона" (1915) и др. Повесть "Тайга" (1916) была одобрена М. Горьким и опубликована в журнале "Летопись". В 1916 при содействии Горького вышел первый сборник его рассказов «Сибирский сказ». В 1923 вышел из печати цикл очерков, рассказов, повестей и роман "Ватага" (1923). Роман "Угрюм-река" был написан в 1933, он поставил автора в ряд наиболее читаемых писателей России. В течение семи лет трудился над многотомной исторической эпопеей "Емельян Пугачев" (1938-45). В годы Отечественной войны, не прекращая работы над "Емельяном Пугачевым", до последних дней жизни писал очерки и рассказы, прославляющие патриотизм советских людей в тылу и на фронте.

      6 марта 1945 скончался в Москве. К 80-летию писателя, в 1953, улицу, на которой он когда-то жил в Томске, назвали его именем, на доме № 10 установили мемориальную доску, а на площади перед речным вокзалом – памятник (ныне утрачен). Памяти писателя посвящена и одна из марок, выпущенных к 400-летию Томска. Имя В.Я. Шишкова носит Алтайская краевая универсальная научная библиотека (г. Барнаул).